宮崎神宮本殿の北側に隣接する前方後円墳である。下北方古墳群のうち、低地上に単独で存在する古墳で、同古墳群中の最後の首長墓とされている。船塚古墳には、神武天皇の船を埋めた塚、神武東征時に船をもやいだ場所といった伝承が残る。　
　 古墳の大きさは、全長76.8ｍ、後円部径は38ｍ、高さは7.34ｍ、前方部の幅は47ｍ、高さ7.76ｍで、前方部は大きく広がる。古墳の周囲には盾形の周溝（幅約13ｍ）が巡り、周堤帯も一部認められる。古墳南側のくびれ部は、社殿によって損なわれているが、それ以外の部分は比較的良好に保存されている。墳丘の形状から古墳時代後期頃の築造と考えられている。